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Cladistica

Classez les animaux, mais avec classe

  • La genése 1.4 - Bizarre Love Triangle

    Au tournant des années 2000, trois chercheurs du MIT accomplire un des sauts conceptuels les plus importants de l’histoire humaine en étuidant une règle de compression de la vidéo : le triangle du codec !

    Pour ceux qui ne sauraient pas ce qu'est un codec, un petit point s'impose.

    Grosso modo, une image numérique est une suite d'informations sur la couleur, la luminosité et la disposition dans l'espace des différents éléments qui composent le sujet de la photo (le spectrum, si vous avez lu La Chambre Claire de Roland Barthes).

    Comme on peut le voir sur la figure ci-dessus, plus il y aura d'informations, plus l'image numérique sera fidèle au spectrum (le sujet de la photo, si vous avez lu La-lala-la-la-lalalalalala de Fabien Barthez). Le problème est qu'au final, il peut y avoir tellement d’informations que le support sur lequel on veut enregistrer l’image n’est pas assez rapide ou volumineux pour toutes les contenir.

    C’est là que les codecs interviennent. Ce sont des petits algorithmes que l’on retrouve dans les appareils photo, les caméras vidéo et les ordinateurs et dont le rôle est de ne garder que certaines des informations de l’image pour les enregistrer. Puis qui, à partir de ces informations, vont pouvoir interpoler celles qui manquent pour reconstituer avec plus ou moins de succès le sujet du spectrum.

    Bien entendu, tout cela est rigoureusement faux mais relativement compréhensible.

    Il est évident que s’il enlève trop d’informations, le codec aura du mal à reconstruire correctement l’image d’origine sauf à faire des calculs compliqués pour corriger les erreurs.

    Le triangle des codecs traduit justement ce terrible constat : il est impossible d’avoir un codec qui soit capable à la fois d'enlever plein d'informations (c'est-à-dire performant), capable de recomposer l'image d'origine le plus fidélement possible (c'est-à-dire de bonne qualité) et sans faire trop de calculs (c'est-à-dire rapide).

    Quoique vous fassiez, votre codec ne pourra remplir que deux des trois qualités en même temps au maximum.

    Le principe de Mathieu-Sanchez-Decousser, du nom des trois chercheurs du MIT, n’est autre que la généralisation de ce concept à tous les domaines du monde physique, transformant ainsi une simple constatation empirique en une principe fondamental de notre Univers : pas la peine de rêver, il y aura toujours un truc qui n'ira pas.

    Pour étayer leur démonstration, ils utilisèrent quelques exemples assez parlants :

    • il n’y a pas de type bien qui soit beau et célibataire. Un beau célibataire sera forcément une enflure alors qu’un célibataire adorable sera obligatoirement moche, et le type génial et beau comme un Dieu que vous avez croisé sort avec cette "salope de Catherine Lepetit" (sic).
    • vous aurez beau postuler partout, vous ne trouverez pas un boulot qui soit interessant, bien payé et où l'ambiance est bonne.
    • pour les fringues, c'est pareil : si c'est pas cher et que ça vous va, c'est que c'est de mauvaise qualité. Et pendant les soldes, il n'y a plus votre taille.
    • idem quand vous faites les travaux de votre salle de bain : pour que le travail soit bien fait et dans les temps, il vous faudra raquer. Si vous rechignez sur le prix, il vous faudra être patient ou accepter de tirer la chasse pour avoir de l'eau chaude dans la douche.

    Edifiant, non ?

    Il semblerait bien que le principe MSD soit, avec la loi de Murphy qui veut que "les choses aillent de mal en pis, puis que le cylce recommence", le moteur même de toutes choses ici-bas et dans les cieux. Oubliez les théories compliquées de la relativité générale ou de la mécanique quantique, l’univers n’obéit qu’à ces deux principes et cela explique aussi bien la création de l’espace, l’apparition de la vie ou le long développement de Cladistica.

    En effet, développer un jeu est très proche de retaper sa salle de bain. Si vous voulez que le travail soit bien fait et que cela ne vous coute pas trop cher, alors il va falloir être patient.

    Cela vous fera sûrement une belle jambe, mais j'ai pas mal appris avec Cladisticaet pour sortir un jeu rapidement, il m'aurait fallu trois fois plus d'argent pour payer correctement le developpeur, embaucher une graphiste à temps plein pendant un mois et me payer pour ne pas avoir à travailler à côté.

    Donc, désolé encore pour le retard accumulé.

    Cependant, nous ne restons pas inactif. Comme je vous le disais lors du précédent post, l'interface graphique a changé et c'est l'artiste visuel Carol Müller qui s'y est collée pour mon plus grand plaisir.

    Allez, en cadeau, voici une esquisse.

    On s'éloigne effectivement du concept initial de vieux livre mais je trouve cela bien plus élégant.

    De mon côté, je me suis mis à apprendre à coder. Pas pour me passer de programmeurs à l'avenir mais pour avoir une meilleure vision du developpement d'un projet.

    J'ai donc patiemment, à la lueur de la bougie, le soir en rentrant de mon travail à la mine, écrit un petit jeu répondant au doux nom de D.A.R.. Ne vous attendez pas à un truc super compliqué, c'est plutôt une photographie de mes connaissances en programmation. Le but est d'incarner la sélection naturelle en écrasant avec vos doigts des ronds qui passent leur temps à se dupliquer. Si l'on se fit à Darwin, au bout d'un certain temps, vous allez écraser les ronds les plus voyants et il ne devrait rester que des ronds ayant la même couleur que le fond et donc invisible à vos yeux.

    Si vous avez envie de tester ce jeu en béta, envoyez moi votre mail à [email protected]. A noter qu'il vous faudra un iPhone sous iOS 11 au moins (j'essayerai d'augmenter la compatibilité). Et si vous voulez en savoir un peu plus sur son développement, c'est ici que ça se passe ---> ici !

    Je le répète, il s'agit d'un petit jeu qui évoluera en fonction de mes connaissances, mais c'est le moins que je puisse faire pour me faire un peu pardonner. Et puis, il y a quelques blagues à droite et à gauche.

    Tout ça pour vous dire que je ne vous oublie pas, que Cladistica avance malgré tout et que, quelque part, je vous aime même si je ne sais pas le montrer. Que voulez-vous, mon père était un homme fier et taiseux mais au grand cœur qui m'a transmis ses valeurs de pudeur que d'aucun on pu appeler "psychopathie".

  • La genèse 1.3 - La beauté intérieure

    Au lycée, les filles n'arrêtaient pas de nous parler de "la beauté intérieure".

    Pour nous, les garçons, c'était un concept assez abstrait mais carrément génial. Pensez-donc : ce qui comptait, ça n'était pas le physique et l'apparence, mais la personnalité de chacun, sa gentillesse, voire (à défaut d'un autre mot) son âme. Mieux, c'était à l'aune de ce mystère quasi-mystique que l'on devait mesurer la vraie beauté de quelqu'un. 

    Quel soulagement ! On pouvait donc être moche, mal habillé, arborer la coupe de cheveux de Morrissey vue par un coiffeur de banlieue et malgré tout, plaire aux filles pour peu que l'on soit riche intéreurement.

    Il faut bien l'avouer, nous étions jaloux de ce super pouvoir exclusivement féminin qui permettait littéralement de voir au travers des gens et qui nous semblait, à nous les garçons, totalement hors de notre portée.

    Et puis, quand on s'est aperçu que, même en étant super drôles, à leur écoute et prets à faire leurs devoirs de maths, les filles préféraient sortir avec les gravures de modes du lycée, il a bien fallu se rendre à l'évidence, la "beauté intérieure" était pour elle aussi un concept assez abstrait. Et quelque part, c'est bien compréhensible.

    Tout ça pour vous parler de l'interface graphique de Cladistica.

    En parallele de la création de la base de données, il a aussi fallu s'occuper de l'apparence de l'application. Pour des raisons de budget évidentes, c'est moi qui m'y suis collé.

    L'idée de Cladistica a surgi il y a cinq ou six ans de cela alors que je me mettais à m'intéresser à la biologie et, surtout, à l'évolution des espèces (à ce propos, si vous êtes béotien dans la matière, je vous conseille le très bon livre de Richard Dawkins, Il était une fois nos ancètres.).  Je ne sais pas pourquoi mais, à l'époque, je trouvais que faire un jeu sur iPhone où l'on classerait des animaux pendant des heures était une vache de bonne idée.

    Assez rapidement, je me suis mis en quête de l'iconographie. Il fallait des images d'animaux qui soient jolies, cohérentes entre elles et avant tout absolument pas chères. Pour avoir été assisant réalisateur sur un clip quasi-intégralement composé d'images d'archives, je savais qu'il ne fallait pas trop rigoler avec les droits d'auteurs (enfin, je dis ça, mais dans la mesure où je vais vous montrer le clip sans payer quoique ce soit à qui que ce soit, on peut aussi dire que les "droits d'auteurs", c'est la "beauté intérieure" des artistes, tout le monde s'en fout).

    L'iconographie qui respectait le mieux les conditions citées plus haut étaient sans discussion, les images naturalistes du XVIIIe et du XIXe siècle. Celles du XVIIe sont souvent assez peu précises et les photos ont remplacé celles du XXe.

    Il ne restait plus qu'à les trouver. Et c'est là que je bénis les Américains.

    Alors qu'on pourrait penser que tout est prétexte à faire de l'argent chez eux, plusieurs de leurs intitutions publiques et privées ont numérisé des milliers de livres naturalistes en très haute qualité pour les diffuser gratuitement sur internet via la Biodiversity Heritage Library.

    Je me suis donc précipité dessus pour finir avec des Giga-octets d'images.

    Il ne restait plus qu'à composer une interface pour le reste du jeu qui soit en adéquation avec le style des dessins naturalistes sélectionnés. Et tout naturellement, j'ai décidé de faire de Cladistica une espèce de beau-livre en multipliant les clins d'œil et les références aux ouvrages du XIXe siècle. Pas bête, hein ?

    C'est alors qu'il me revient en mémoire, un souvenir familier : Longtemps, je me suis couché de bonheur lors de crises passagères mais néanmoins chroniques, je me pique de changer la décoration de mon appartement. Je modifie alors la disposition des meubles, je me lance dans des projets de cadres végétaux, je construis une table basse avec des palettes... Il est même arrivé que lors d'un de mes épisodes de démence hispterienne, j'en vienne à changer les poignées des portes. Et c'est à ce moment-là qu'un nouvel univers d'angoisses a surgit d'un néant qui n'en avait même pas le nom.

    Il y a un choix de poignées de portes exagérément absurde : certaines sont argentées, d'autres dorées, il y en a des mates, des reflechissantes, avec une clés ou un verrou, avec une clenche qui reste en postion ou pas... D'ailleurs, rien que de savoir le mot "clenche" désigne bien un objet réel me remplit d'effroi et me renvoie à ces moments où j'errais en chaussons dans les surpermarchés du bricolage, terrifié par l'idée ridicule de choisir la poignée de porte la plus nulle du Monde.

    Hé bah, créer une interface graphique, c'est exactement pareil. Est-ce que je mets le texte en haut ou en bas ? Est-ce que je mets du papier jauni en fond ? Est-ce que le cadre est mieux en marron ? Est-ce que la typo n'est pas un peu plouc ?... Et 1000 autres questions auxquelles on m'avait pourtant juré que je n'aurais jamais à y répondre.

    J'ai donc fait des tas de variantes quasiments identiques pour finir par m'arrêter sur quelque chose qui respectait bien l'idée que j'avais en tête... mais qui s'avèrait être très décevante, je dois bien l'avouer. Imiter un livre du XIXe siècle était une fausse bonne idée.

    Heureusement pour vous, j'ai croisé le chemin d'une graphiste qui a bien voulu me filer un coup de main pour repenser entièrement l'interface et la rendre plus moderne et plus agréable.

    C'est une des raisons pour laquelle, Cladistica est en retard. L'autre est qu'en fait cela demande beaucoup de boulot surtout quand on travaille à côté.

    Mais 2018 est là et vous classerez bientôt des primates. Si ça, c'est pas un joli vœu.

  • Bonne Année 2018 !

    Avouez que vous ne vous y attendiez pas, hein ?

    Non, Cladistica n'est pas parti aux Seychelles avec votre argent ! Je suis juste à la bourre comme vous le précisera le post qui suivra.

    Cela ne m'empêche pas de vous souhaiter à tous une bonne année, tout en restant suffisamment évasif pour que vous puissiez y mettre ce que vous voulez.

    Pour bien débuter, j'ai cherché une chouette chanson pour fêter cette nouvelle année, mais ça n'est visiblement aps un thème très inspirant. Vous aurez donc le droit à une chanson de Noël (on est pas loin) signée Elton John mais chantée par les fabuleux Wedding Present.

    Bonne année à tous !

  • La genèse 1.2 - Le livre du boulot*

    Ainsi donc, sans vous prévenir, le developpement de Cladistica a commencé. Et c'est Kevin de Jesus Ferreira de Kapps-Mobile qui s'y colle. Il a la lourde tâche de mettre l'arbre du vivant dans votre pôche. Quelque part, c'est un peu de la magie.

    La première phase a consisté à créer un modèle de base de données pertinent pour le jeu. Si vous ne savez pas ce qu'est une base de données, il faut sans doute que je vous pévienne que Georges Pompidou n'est plus le président de la République.

    Grosso Modo, en informatique, une base de données est un outil qui permet de stocker plein d'informations, de les classer, de les ranger, de faire des liens entre elles et surtout de les retrouver au travers de différents critères.

    Un des exemples de base de données le plus connu est le carnet d'adresses. Dans un répertoire vous avez les informations de noms, de prénoms, d'adresses postales, les numéros de téléphones, etc... Vous pouvez ensuite classer vos contacts, les retrouver via leur e-mail, connaître leurs anniversaires...

    Pour Cladistica, la problématique est à peu près la même : il faut pouvoir entrer des tas d'informations sur les clades (comme, par exemple, les caractèristiques qui les définissent), les espèces (quels sont leurs noms scientifiques, leurs répartitions géographiques...) et les liens qu'il y a entre eux (en gros, quelle espèce appartient à quel clade).

    Du coup, Kévin a proposé ça :

    Du coup, je lui ai dit : "Qu'est-ce que je regarde ?"

    Du coup, il m'a répondu ceci :

    Du coup, je lui ai dit : "Fais comme tu le sens, je ne comprends rien de toute façon".

    Il s'est donc attelé à la tâche et rapidement, Kévin a mis en ligne la base de données de Cladisiticapour que je puisse la remplir de chez moi.

    A vrai dire, c'est là que les problèmes ont vraiment commencé car il a fallu que je bosse. Il se trouve que la cladistique (la science du classement des organismes vivants permettant de retracer leur histoire évolutive) est une science en mouvement. Les affirmations de la veille sont contredites par celles du jour, avant d'être abandonnées le lendemain pour resurgir la semaine suivante. Même le classement des différents groupes de primates entre eux ne fait pas consensus dans la communauté scientifique. Bref, il n'est pas forcément facile de synthétiser tout cela et, souvent, c'est tout bonnement impossible.

    Mais, bon an mal an, à force de persevérance et de raccourcis scientifiques honteux, j'ai fini par trouver des éléments qui caractérisent les clades d'une bonne moitié des mammifères (l'autre moitié attendra un petit peu). Ce qui donne le document de travail suivant :

    C'est pas du Tree of life, ça ? C'est sûr que par rapport à celui de Terence Malick, ça manque de gosses qui courent en contre-jour et de mamans qui marchent pieds nus sur l'herbe. Mais au moins, il n'y a pas Sean Penn.

    L'étape suivante consitait à tout retranscrire pour la base de données.

    Ne restait plus alors qu'à vérifier que l'application Cladistica puisse utiliser les informations de la base de données, sans quoi, tout cela ne servirait pas à grand chose. En effet, c'est une chose d'avoir des tas de reneignements sur les animaux et sur les clades ; c'en est est une autre de pouvoir en faire un jeu ; et c'en est une troisième que d'utiliser les "points virgules" de nos jours.

    Alors, un matin, sans crier gare, Kévin m'a envoyé cette captude d'écran :

    Si vous n'êtes pas friand de poésie hermétique, la beauté de la chose vous echappera peut-être. Voici tout de même sa signification : Cladistica est capable de lire la base de données, de reconnaitre un clade (celui des Thériens dans cet exemple), de retrouver de quel était son "chemin phylogénétique" (ici, les Thériens font partie des Mammifères) et de désigner ses clades-fils (les Theriens sont soit des Euthériens soit des Marsupiaux).

    Y'a pas à dire : je suis content et j'aime bien me secouer les noisettes les Gif animés !

    D'ailleurs, en attendant que je fasse un autre post pour vous parler des tribulations de l'interface graphique, voici un petit post sur l'excellent blog biologique Strange Stuff and Funky Things qui vous éclairera sur les Gifs avant qu'ils ne soient des Gifs. Indispensable, donc.

    Bisous à tous les amis,

    *le premier qui trouve la très bonne blague du titre a gagné.

  • La tectonik du paresseux

    Bonjour tout le monde,

    Vous avez dû le remarquer, j'ai la Tectonique Touch :

    Au-delà de cette excellente blague Gifesque que seule les moins de 25 ans comprendront peut-être, je fais allusion à la tectonique des plaques, cette force colossale qui déplace des montagnes... mais super lentement. Mais qui déplace des montagnes !.. mais super lentement. Mais qui déplace des montagnes...

    Il y a  plusieurs millions d'années de cela, l'Amérique du Sud et l'Amérique du Nord étaient deux grosses iles-continents séparés par une bras de mer.

    Puis, avec l'allure d'un sénateur mais  une détermination de fer, l'Amérque du Sud est remontée vers sa cousine du nord jusqu'à se retrouver rattachée via l'isthme du Panama. Ce nouveau pont terrestre a permi aux espèces des deux continents de migrer de l'autre côté.

    Dans l'ensemble, ce sont les espèces du Nord qui ont pris l'avantage sur celles du Sud pour des raisons un peu compliquées à expliquer. Cependant, il y a un groupe d'animaux qui a bien résisté aux envahisseurs : les Xénarthres !

    Derrière ce drôle de nom, qui signifie grosso modo "étranges articulations", se cachent des espèces aussi marrantes que les tatous, les fourmiliers et les paresseux.

    Assez bizarrement, tout le monde semble aimer les paresseux. Il faut dire qu'ils ont putôt une bonne tête et ne semblent pas spécialement méchants. Bref, c'est ce genre d'animal dans lequel on aimerait éventuellement se ré-incarner. Quoique le choix proposé par Woody Allen soit aussi pertinent :

    Il y a un autre truc qui est marrant avec les paresseux : leur meilleure arme contre les prédateurs est justement leur lenteur. En effet, les carnivores ont tendance à être plus sensibles aux mouvements qu'aux couleurs et comme les paresseux ne bougent justement pas beaucoup...

    Bref, tout ça pour vous dire que Cladistica est en retard mais qu'il avance. Lentement certes, mais sûrement. Je tenterai dorénavant de vous donner des nouvelles un peu plus régulièrement.

    En attendant, caresses et bises à l'œil comme le disait le grand Bernard.